कोविड-19 सहनशीलता के लिए जीन: कोरोनावायरस प्रतिरोध और संवेदनशीलता से संबंधित डीएनए मार्करों की पहचान

कोरोनावायरस (CoVs) (आदेश Nidovirales, परिवार Coronaviridae, उपपरिवार Coronavirinae) कई कशेरुकी प्रजातियों में श्वसन रोगों के प्रकोप के लिए जिम्मेदार हैं। ये एकल-धागे वाले RNA लिपटे वायरस (+ssRNA) का एक बड़ा परिवार हैं जिन्हें विभिन्न पशु प्रजातियों में अलग किया जा सकता है। इनके जीनोम का आकार 26 से 32 किलोबेस (kb) के बीच होता है, जो RNA वायरस के लिए सबसे बड़े जीनोम हैं (इससे फेसमास्क की प्रभावशीलता बढ़ती है)। COVID-19, जिसे गंभीर तीव्र श्वसन सिंड्रोम कोरोनावायरस 2 (SARS-CoV-2) या "नवीन कोरोनावायरस 2019" के रूप में भी जाना जाता है, एक नया वायरस है और हम केवल मानवों में प्रतिरोध और संवेदनशीलता को समझना शुरू कर रहे हैं।

COVID-19 गंभीर तीव्र श्वसन सिंड्रोम (SARS) के समान है इस संदर्भ में कि दोनों वायरस अपने मानव मेज़बानों को एक ही रिसेप्टर, एंजियोटेंसिन-परिवर्तक एंजाइम 2 (ACE2 रिसेप्टर) के माध्यम से संक्रमित करते हैं, और समान नैदानिक और पैथोलॉजिकल विशेषताएँ उत्पन्न करते हैं। दिलचस्प बात यह है कि रिसेप्टर बाइंडिंग के लिए जिम्मेदार स्पाइक प्रोटीन 2019-nCoV और SARS-CoV के बीच अत्यधिक समान है, यह उसी रिसेप्टर के लिए महत्वपूर्ण चयन का परिणाम है (Wu., 2020)। यह शोध कि हमारे शरीर SARS के खिलाफ कैसे रक्षा करते हैं यह प्रकट कर सकता है कि हमारे शरीर COVID-19 के खिलाफ कैसे रक्षा कर सकते हैं।

कई हालिया जीनोम वाइड एसोसिएशन स्टडीज़ (GWAS) ने उन आनुवंशिक भिन्नताओं के बारे में बहुत गहरा ज्ञान प्रदान किया है जो यह समझाने में मदद कर सकती हैं कि कुछ व्यक्ति COVID-19 से लगभग अप्रभावित क्यों हैं, और दूसरों के लिए यह वायरस जीवन के लिए खतरा या यहां तक कि घातक क्यों है।

इस पोस्ट में, हम सहकर्मी-समीक्षित साहित्य की समीक्षा प्रदान करते हैं और SARS-CoV प्रतिरोध के लिए उम्मीदवार जीनों के बारे में जानकारी प्रस्तुत करते हैं। यदि आपने 23andMe, Ancestry DNA, Dante labs जैसे घर पर किए गए DNA परीक्षण किए हैं, तो आप अपने कच्चे DNA डेटा का मूल्यांकन कर सकते हैं और देख सकते हैं कि आपका DNA अनुक्रम शोध निष्कर्षों के साथ कैसे तुलना करता है।

कोरोनावायरस के खतरे या आसानी के लिए अपने डीएनए का विश्लेषण कैसे करें?

चरण 1) अपने कच्चे ऑटोसोमल डीएनए फ़ाइल को डाउनलोड करें और इसे एक सुरक्षित और सुरक्षित स्थान पर सहेजें

अपने डीएनए डेटा का विश्लेषण करने के लिए, अपने कच्चे ऑटोसोमल डीएनए को डाउनलोड करने से शुरू करें और इसे एक सुरक्षित स्थान पर सहेजें। यहाँ से अपने कच्चे डीएनए फ़ाइल को डाउनलोड करने के लिए निर्देश दिए गए हैं: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.

चरण 2) अपनी कच्ची डीएनए फ़ाइल का विश्लेषण करें

अपने कच्चे DNA डेटा को "text wrangler" या "notepad" जैसे टेक्स्ट संपादक का उपयोग करके खोजें, "find" कार्यक्षमता का उपयोग करें, या कमांड लाइन का उपयोग करें।

अपने कच्चे DNA फ़ाइल को खोलें और आप अद्वितीय SNP ID (rs# या i#), क्रोमोसोम, स्थिति और जीनोटाइप के शीर्षकों को देखेंगे। प्रारूप प्रत्येक उपभोक्ता DNA परीक्षण कंपनी के बीच थोड़े भिन्न होते हैं।

COVID-19 से खराब रिकवरी के अपने जोखिम का मूल्यांकन करने के लिए नीचे वर्णित इन DNA मार्करों पर एक नज़र डालें:

हाल ही में कई जीनोम वाइड एसोसिएशन स्टडी (GWAS) प्रकाशित हुई हैं जो उन स्थानों का वर्णन करती हैं जो SARS-CoV-2 से संक्रमित रोगियों में श्वसन विफलता से जुड़े हैं और तीन अध्ययनों ने उसी ~50 kb जीनोमिक खंड में SNP मार्करों की पहचान की है जो Neandertals से विरासत में मिला है।

In addition, other DNA markers covered in this post include rs4804803 which was associated with SARS, and those positioned in the angiotensin-converting enzyme-2 (ACE2) receptor which was proved to be the same receptor for the human respiratory coronavirus NL63, , SARS-coronavirus (SARS-CoV), and the novel coronavirus 2019-nCoV/SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019). Since the spike protein of the coronavirus has evolved to match the ACE2 receptor, it's likely that individuals with variations that alter the protein sequence would result in a degree of resistance to covid-19. Below are non-synonymous SNPs from the ACE2 transcript NM_021804.2 and of particular interest are SNPs that cause major changes like rs199951323 which results in a premature stop codon.