Genar fyrir covid-19 þol: auðkenning DNA merkja sem samsvara mótstöðu og næmni fyrir kórónuveiru

Kórónuveirur (CoVs) (röð Nidovirales, fjölskylda Coronaviridae, undirfjölskylda Coronavirinae) eru ábyrg fyrir útbrotum öndunarfærasjúkdóma í mörgum hryggdýra tegundum. Þær eru stór fjölskylda einþátta RNA umlyktra veira (+ssRNA) sem hægt er að einangra í mismunandi dýra tegundum. Þær hafa genastærðir sem eru á milli 26 til 32 kilobasa (kb) að lengd, sem gerir þær að stærstu genunum fyrir RNA veirur (sem eykur þar með virkni andlitsgríma). COVID-19, einnig þekkt sem alvarleg akút öndunarfærasjúkdómur kórónuveira 2 (SARS-CoV-2), eða "nýja kórónuveiran 2019", er ný veira og við erum aðeins að byrja að skilja mótstöðu og næmni hjá mönnum.

COVID-19 er svipað alvarlegu bráða öndunarfærasýkingu (SARS) að því leyti að báðir veirurnar smita mannkynið í gegnum sama viðtakan, angíótensín umbreytandi ensím 2 (ACE2 viðtakann), og valda svipuðum klínískum og sjúkdómslegum einkennum. Athyglisvert er að spík próteinið sem er ábyrgur fyrir viðtaka tengingu er mjög svipað milli 2019-nCoV og SARS-CoV, þetta er afleiðing verulegs val á sama viðtakan (Wu., 2020). Rannsóknir á því hvernig líkamar okkar verja sig gegn SARS gætu leitt í ljós hvernig líkamar okkar gætu varið sig gegn covid-19.

Fjölmargar nýlegar genamyndunar tengingar (GWAS) hafa veitt mun dýrmætari innsýn í genatengdar breytileika sem geta hjálpað til við að útskýra hvers vegna sumir einstaklingar eru nánast óáhrifaðir af COVID-19, en fyrir aðra er veiran lífshættuleg eða jafnvel banvæn.

Í þessari færslu veitum við yfirlit yfir ritrýnda fræðigreina og kynnum upplýsingar um frambjóðandi gen fyrir SARS-CoV mótstöðu. Ef þú hefur tekið DNA próf heima, eins og þau sem eru í boði frá 23andMe, Ancestry DNA, Dante labs, geturðu metið hráa DNA gögnin þín og séð hvernig DNA röð þín ber saman við rannsóknarniðurstöður.

Hvernig á að greina DNA þitt fyrir mótefnavirka eða næmni fyrir koronaveiru?

Skref 1) Sæktu hráa autosomal DNA skjalið þitt og vistaðu það á öruggan stað

Til að greina DNA gögnin þín, byrjaðu á því að sækja hráa autosomal DNA skjalið þitt og vistaðu það á öruggan stað. Hér eru leiðbeiningar um hvernig á að sækja hráa DNA skjalið þitt frá: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.

Skref 2) Greina hráa DNA skrána þína.

Leitaðu að hráu DNA gögnum þínum með textaritli eins og "text wrangler" eða "notepad" með því að nota "finna" aðgerðina, eða með því að nota skipanalínu.

Opnaðu hráa DNA skrána þína og þú munt taka eftir fyrirsagnunum um einstaka SNP ID (rs# eða i#), litning, stöðu og genotýpu. Formatin eru aðeins mismunandi milli hverrar DNA prófunarfyrirtækis sem beint er til neytenda.

Til að meta áhættuna þína á lélegri bata frá COVID-19, skoðaðu þessa DNA merki sem lýst er hér að neðan:

Fjöldi Genóm Breiddar Samtaka Rannsókna (GWAS) voru nýlega birt sem lýsa staðsetningum tengdum öndunarbilun hjá sjúklingum sem smituðust af SARS-CoV-2 og þrjár rannsóknir greindu SNP merki í sama ~50 kb genómíska hluta sem er erfð frá Neandertölum.

In addition, other DNA markers covered in this post include rs4804803 which was associated with SARS, and those positioned in the angiotensin-converting enzyme-2 (ACE2) receptor which was proved to be the same receptor for the human respiratory coronavirus NL63, , SARS-coronavirus (SARS-CoV), and the novel coronavirus 2019-nCoV/SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019). Since the spike protein of the coronavirus has evolved to match the ACE2 receptor, it's likely that individuals with variations that alter the protein sequence would result in a degree of resistance to covid-19. Below are non-synonymous SNPs from the ACE2 transcript NM_021804.2 and of particular interest are SNPs that cause major changes like rs199951323 which results in a premature stop codon.