コロナウイルス耐性および感受性に対応するDNAマーカーの特定：COVID-19レジリエンスのための遺伝子

コロナウイルス（CoVs）（目 Nidovirales、科 Coronaviridae、亜科 Coronavirinae）は、多くの脊椎動物種における呼吸器疾患のアウトブレイクの原因となっています。これらは、異なる動物種から分離可能な、単鎖RNAエンベロープウイルス（+ssRNA）の大きなファミリーです。ゲノムサイズは26から32キロ塩基（kb）の範囲で、RNAウイルスとしては最大のゲノムを持ち（その結果、フェイスマスクの効果が高まります）、COVID-19は重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2（SARS-CoV-2）または「新型コロナウイルス2019」として知られる新しいウイルスであり、私たちは人間における抵抗性と感受性を理解し始めたばかりです。

COVID-19は重症急性呼吸器症候群（SARS）に似ており、両方のウイルスが同じ受容体であるアンジオテンシン変換酵素2（ACE2受容体）を介して人間の宿主に感染し、類似の臨床的および病理的特徴を引き起こします。興味深いことに、受容体結合に関与するスパイクタンパク質は2019-nCoVとSARS-CoVの間で非常に似ており、これは同じ受容体に対する重要な選択の結果です（Wu., 2020）。私たちの体がSARSに対してどのように防御するかを研究することで、私たちの体がCOVID-19に対してどのように防御できるかが明らかになるかもしれません。

最近のいくつかの全ゲノム関連解析（GWAS）は、なぜ一部の個人がCOVID-19にほとんど影響を受けないのか、他の人にとってウイルスが生命を脅かすか、さらには致命的であるのかを説明するのに役立つ遺伝的変異について、より深い洞察を提供しています。

この投稿では、査読付き文献のレビューを提供し、SARS-CoV耐性に関する候補遺伝子の情報を提示します。23andMe、Ancestry DNA、Dante labsなどの自宅で行うDNAテストを受けたことがある場合は、あなたの生のDNAデータを評価し、あなたのDNA配列が研究結果とどのように比較されるかを確認できます。

コロナウイルスの抵抗力や感受性を解析する方法は？

ステップ 1) 生の常染色体DNAファイルをダウンロードし、安全で確実な場所に保存します

DNAデータを分析するには、まず生の常染色体DNAをダウンロードし、安全な場所に保存します。 生のDNAファイルをダウンロードするための手順は次のとおりです: 23andMe, Ancestry DNA, Family Tree DNA, Dante Labs, My Heritage, Genes For Good, Vitagene, and Living DNA.

ステップ2）生のDNAファイルを分析する

テキストエディタ（「text wrangler」や「notepad」など）を使用して、"find"機能またはコマンドラインを使用して、あなたの生のDNAデータを検索してください。

生のDNAファイルを開くと、ユニークなSNP ID (rs# または i#)、染色体、位置、および遺伝子型のヘッダーが表示されます。フォーマットは、各消費者向けDNAテスト会社によってわずかに異なります。

COVID-19からの回復が不良であるリスクを評価するために、以下に説明されているDNAマーカーを探してください：

最近、SARS-CoV-2に感染した患者の呼吸不全に関連する遺伝子座を説明するいくつかの全ゲノム関連解析（GWAS）が発表され、3つの研究がネアンデルタール人から受け継がれた同じ約50 kbのゲノムセグメント内のSNPマーカーを特定しました。

In addition, other DNA markers covered in this post include rs4804803 which was associated with SARS, and those positioned in the angiotensin-converting enzyme-2 (ACE2) receptor which was proved to be the same receptor for the human respiratory coronavirus NL63, , SARS-coronavirus (SARS-CoV), and the novel coronavirus 2019-nCoV/SARS-CoV (Li et al., 2017; Lu et al., 2019). Since the spike protein of the coronavirus has evolved to match the ACE2 receptor, it's likely that individuals with variations that alter the protein sequence would result in a degree of resistance to covid-19. Below are non-synonymous SNPs from the ACE2 transcript NM_021804.2 and of particular interest are SNPs that cause major changes like rs199951323 which results in a premature stop codon.